Trata sobre un viejo tema pero increíblemente renovado, la llegada de una nave extraterrestre por error a nuestro planeta, con 1.8 millones de aliens. Al principio se esperan grandes avances tecnológicos y beneficios para la humanidad pero, 28 años después, los aliens son una raza detestada y apartada de los pobladores "legítimos" de la tierra; los humanos.
Los aliens son rechazados y segregados a una especie de ghetto: el Distrito 9. Pronto serán reubicados de acuerdo a los planes de una empresa privada que espera una remuneración económica estudiando la tecnología alienígena para aplicaciones militares (hasta ese momento, inútil para los humanos).
Todo esto a manera de documental, para entender los 28 años de historia de los aliens en nuestro planeta. Y después se pone aún mejor...
...durante la "mudanza" de aliens del Distrito 9, un trabajador de la compañía es infectado accidentalmente por un arma de nanotecnología, comienza una persecución y se ve el verdadero poder de los extraterrestres.